المساجد هي بيوت الله، بنيت لعبادة الله عز وجل، وأول ما فعله الرسول - صلى الله عليه وسلم - حينما هاجر من مكة المكرمة إلى المدينة المنورة هو بناء مسجد، وحث الإسلام على بناء المساجد وعمارتها ورتب على ذلك الأجر العظيم قال تعالى: ( إِنَّمَا يَعْمُرُ مَسَاجِدَ اللَّهِ مَنْ آمَنَ بِاللَّهِ وَالْيَوْمِ الْآخِرِ وَأَقَامَ الصَّلاةَ وَآتَى الزَّكَاةَ وَلَمْ يَخْشَ إِلَّا اللَّهَ فَعَسَى أُولَئِكَ أَنْ يَكُونُوا مِنَ الْمُهْتَدِينَ ) التوبة:18. وجاء في الصحيحين أن النبي صَلَّى اللَّهُ عَلَيْهِ وَسَلَّمَ قال: ( مَنْ بَنَى مَسْجِدًا يَبْتَغِي بِهِ وَجْهَ اللَّهِ بَنَى اللَّهُ لَهُ مِثْلَهُ فِي الْجَنَّةِ )، حيث تقام فيها أعظم شرائع الدين وهي الصلاة، ولها دور في تربية الفرد تربية روحية وأخلاقية، وتربية المجتمع على الاجتماع والترابط والألفة.
انطلاقاً من ذلك كله تبنت مؤسسة بنيان الإنسانية مشروع بناء المساجد بإندنوسيا بجميع مرافقها والإشراف عليها وتهيئتها لتكون للعبادة والتعليم والتوجيه والإرشاد.